Il Morganite origina tipicamente dalle pegmatiti, un tipo di roccia ignea intrusiva. Queste si formano nelle fasi finali della cristallizzazione del magma, quando i fluidi residui ricchi di berillio e altri elementi rari si concentrano. Man mano che la pegmatite si raffredda, questi fluidi interagiscono con i minerali esistenti, portando alla crescita di cristalli. La presenza di manganese è responsabile delle sue tenui sfumature che vanno dal rosa all'arancione-rosa. L'intensità del colore è direttamente correlata alla concentrazione di ioni Mn2+ all'interno della rete cristallina. Alcuni Morganite possono anche essere trattati termicamente per migliorare il loro colore.